「指揮系統を明確化してほしい」。３月１８日、原子力災害現地対策本部の松下忠洋副経済産業相が首相官邸に要請した。Ｊヴィレッジには自衛隊、警察、消防に東電、原子力安全・保安院が加わる寄り合い所帯だった。
２０日には原子力災害対策本部長の菅直人首相名の「指示書」が出た。宛先は警察庁長官、総務省消防庁長官、防衛相、福島県知事、東電社長。放水などの実施要領は「自衛隊が中心となり、調整の上決定」し、作業実施も「自衛隊が一元的に管理する」とあった。限定された場所の活動とはいえ、自衛隊が警察や消防の指揮を執るよう首相が指示したのは史上初めてだった。
原発へのテロ攻撃の際、警察力で対応できない事態に自衛隊とどう連携するのかは長い間の課題でもあった。９４年春、警察庁と陸自幹部が初めてこの件で極秘に会合を開いて協議したが何も決まらなかった経緯がある。
その後警察、陸自間で訓練は始まり、０５年福井県で行われた国民保護法に基づく初の実動訓練では「美浜原発がテログループに攻撃され、放射性物質が放出される可能性が出た」という想定だった。陸幕幹部は振り返る。「今回、書面で首相の指示が出たことが大きい。自民党政権ではできなかったことを、民主党政権は軽々とやっている」